Сангийн яам хуульд заасан тусгай зөвшөөрлийг цахим хэлбэрээр олгодог болжээ. Одоогийн байдлаар тус яам болон түүний харьяа байгууллага нийт 12 тусгай зөвшөөрөл, 1 эрх, 3 зөвшөөрөл олгож байна.

Сангийн яамнаас дараах 6 төрлийн тусгай зөвшөөрөл, 1 эрх олгодог.

1. Гаалийн зуучлагчийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

2. Эд мөнгөний хонжворт сугалаа гаргах тусгай зөвшөөрөл;

3. Үнэт цаас үйлдвэрлэх тусгай зөвшөөрөл;

4. Аудитын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

5. Хөрөнгийн үнэлгээ хийх тусгай зөвшөөрөл;

6. Татварын мэргэшсэн зөвлөх үйлчилгээний тусгай зөвшөөрөл

7. Татварын мэргэшсэн зөвлөхийн эрх.

Харин Гаалийн ерөнхий газраас дараах 6 тусгай зөвшөөрөл, 3 зөвшөөрөл олгодог байна.

1. Гаалийн баталгаат агуулахын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

2. Гаалийн баталгаат үйлдвэрийн газрын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

3. Гаалийн баталгаат үзэсгэлэнгийн газрын үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

4. Гаалийн баталгаат барилгын талбайн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

5. Татваргүй барааны дэлгүүрийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

6. Гаалийн тусгай бүсийн үйл ажиллагаа эрхлэх тусгай зөвшөөрөл;

7. Гаалийн хяналтын бүс тогтоох;

8. Түр агуулахын  зөвшөөрөл олгох;

9. Тээвэрлэгч байгууллагад гаалийн итгэмжлэл олгох.

Дээрх зөвшөөрлүүдийг аж ахуйн үйл ажиллагааны тусгай зөвшөөрлийн тухай хуулийн дагуу төрийн байгууллагуудаас олгож ирсэн. Уг хуулийн 6.1 дэх хэсэгт заасны дагуу 3 жилийн хугацаатай олгож 3 жил тутам дахин баримт бичиг бүрдүүлж, хугацааг нь сунгуулдаг.

Цаашид Сангийн яам болон харьяа байгууллагаас олгодог тусгай зөвшөөрлүүдийг зөвхөн цахим хэлбэрээр олгодог болж байна.

Иргэн аж ахуйн нэгжүүд цаг хугацаа орон зайнаас үл хамааран хэрэгцээт тусгай зөвшөөрлийн хүсэлтээ https://license.mof.gov.mn цахим хуудсанд илгээснээр систем автоматаар хянан, хариу болон бар код бүхий тусгай зөвшөөрлийг хүсэлт гаргагчид илгээнэ.

Цахим систем ашиглалтад орсноор тусгай зөвшөөрөл шинээр олгох, хугацаа сунгах үйл ажиллагаа сайжрахаас гадна, тусгай зөвшөөрөл эзэмшигч иргэн, аж ахуйн нэгжийн тусгай зөвшөөрлийн дагуу үйл ажиллагаа явуулж байгаа эсэхэд тавих хяналт сайжрах зэрэг давуу талууд гарах аж.